CERTIMEX wurde im Jahr 1997 gegründet, und zwar aufgrund des Interesses der mexikanischen Hersteller auf eine nationale Zertifizierungsagentur zurückgreifen zu können, die qualitativ hochwertige Inspektions- und Zertifizierungsdienstleistungen anbietet, die für die Interessierten auch finanzierbar sind.

So nahm CERTIMEX seine Tätigkeiten im Jahr 1997 auf, wobei jedoch in einem ersten Schritt nur die Zertifizierung ökologischer oder biologischer Produkte und Prozesse angeboten wurde, die auch seitdem mit grossem Erfolg weitergeführt wurde.

Im Jahr 2000 hat CERTIMEX aufgrund des Interesses der Hersteller, Verarbeiter und Verkäufer auch Zertifizierungssysteme für weitere Bereiche entwickelt, wobei Normvorlagen und Inspektionsverfahren berücksichtigt werden und zusammen mit Comercio Justo México, A. C. die Kriterien und Verfahren für eine Fairtrade-Zertifizierung entwickelt wurden. Später wurden auch die Richtlinien des Smithsonian Migratory Bird Center herangezogen und daraufhin Mitarbeiter der CERTIMEX ausgebildet, um die Inspektionsarbeit für den Schattenanbau des Kaffees durchzuführen.

Im Juli des Jahres 2002 wurde die Zusammenarbeit mit der Fairtrade Labelling Organization (FLO) aufgenommen, um nun auch Inspektionstätigkeiten im Einklang mit den Vorschriften dieser Fairtrade-Organisation vorzunehmen.

Diese Fortschritte machen CERTIMEX zu einer Organisation, die in der Lage ist, Inspektions- und Zertifizierungsdienstleistungen sowohl für den Bereich des Bio-Kaffees, den Kaffee aus Schattenanbau wie auch den Fairtrade-Kaffee anzubieten, ein Verfahren, das nach den Richtlinien des Rates für den Nachhaltigen Kaffeeanbau in Mexiko (CCCSM) als "nachhaltiger Kaffee" bezeichnet wird.