CERTIMEX se crea en el año de 1997 gracias al interés de los productores mexicanos de querer contar con una certificadora nacional que realizara con calidad los servicios de inspección y certificación, pero a precios accesibles para los interesados.

Así, CERTIMEX inicia sus actividades en ese año ofreciendo únicamente los servicios de certificación de productos y procesos ecológicos u orgánicos, los cuales se han venido realizando desde entonces con bastante éxito.