CERTIMEX se crea en el año de 1997 gracias al interés de los productores mexicanos de querer contar con una certificadora nacional que realizara con calidad los servicios de inspección y certificación, pero a precios accesibles para los interesados.

Así, CERTIMEX inicia sus actividades en ese año ofreciendo únicamente los servicios de certificación de productos y procesos ecológicos u orgánicos, los cuales se han venido realizando desde entonces con bastante éxito.

En el año 2000, el interés manifestado por los productores, procesadores y comercializadores, motivó a CERTIMEX a desarrollar sistemas de certificación en otros rubros, considerando documentos de normas y procedimientos de inspección y elaborando conjuntamente con Comercio Justo México A.C. los criterios y procedimientos para la certificación del comercio justo. Posteriormente, se abordaron procedimientos del Smithsonian Migratory Bird Center y, en función de ellos, se ha capacitado al personal de CERTIMEX para realizar el trabajo de inspección de café bajo sombra.

Desde julio del 2002, se iniciaron relaciones de trabajo con Fairtrade Labelling Organization (FLO), para la realización de trabajos de inspección de acuerdo a las normas de esta organización de comercio justo.

Estos avances colocan a CERTIMEX como una organización capaz de ofrecer los servicios de inspección y certificación conjunta en las líneas de café orgánica, café de sombra y café de comercio justo, que de acuerdo con las normas del Consejo Civil para la Cafeticultura Sustentable en México (CCCSM), se ha denominado “Café sustentable”.