En el caso de los productos orgánicos de exportación a la UE con certificado CERTIMEX debe tramitarse el permiso de importación ante las autoridades competentes en cada país miembro de la UE. Estos trámites pueden realizarse por parte del mismo importador con el apoyo de CERTIMEX.

El operador solicita a CERTIMEX la emisión del Certificado de control. Para ello llena y envía a CERTIMEX el formato de solicitud de certificado de control, anexándole copia de la factura de venta y el reconocimiento de embarque (bill of lading), en el caso particular del mercado nacional mexicano se debe anexar la factura de venta, la nota de salida del almacén y el certificado fitosanitario o aviso de venta.

El personal de CERTIMEX verifica que el operador solicitante esté debidamente certificado. Se verifica también que el volumen de producto que ampara el certificado de control solicitado este en concordancia con el volumen total certificado y los volúmenes considerados en los certificados de control emitidos anteriormente.

Se elaborará el certificado de control y se envía el operador o al comprador, según lo indique el operador.

El tramite de permisos de importación de productos orgánicos en la UE y la emisión de cada certificado de control tiene un costo que es pagado por el operador de acuerdo a las tarifas vigentes.